1、PHP 只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而 JAVA 在这方面就比较强大，可以实现多层的网络架构。数据库层(持久化层)、应用(业务)逻辑层、表示逻辑层彼此分开，而且现在不同的层都已经有一些成熟的开发框架的支持。
2、PHP 是面向过程的语言，Java 是面向对象的，面向过程语言开发的程序只要业务流程发生变化，修改工作量很大，所以可修改性差，同时可复用性也差。
3、PHP 语言在可靠性方面比 J2EE 平台差，J2EE 平台有大量增强可靠性的成熟解决方案，而 PHP 只是一种简单的脚本语言，在可靠性方面缺乏成熟解决方案。
4、PHP 对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，而 Java 通过 JDBC 来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库，访问数据库的接口比较统一。所以原架构在数据库连接方面修改起来工作量也是很大的。
5、PHP 适合于小型项目，但大型项目有大量功能需要增加，PHP 在稳定性方面也达不到要求。
5、PHP 比 Java 的可维护性差。
7、PHP 比 Java 的扩展性差。
8、PHP 比 Java 的安全性差。