利用cell ranger分析scRNA-Seq数据后一般会得到这三个文件,
matrix.mtx.gz文件是一个Matrix Market File Format格式文件,经过了gzip压缩的。(linux下可以通过gzip -d matrix.mtx.gz 命令得到matrix.mtx)
下面是Matrix Market File Format(MM)文件格式的说明
MM文件有四个部分
%%MatrixMarket matrix coordinate integer general # Header line
%metadata_json: {"software_version": "cellranger-7.0.0", "format_version": 2} # 注释
36601 11880 41113616 # 矩阵大小,其中36601是基因数,11880是细胞数,41113616是矩阵中非0的数,也是接下来的行数
31 1 1 # 第一个数字对应是features.tsv.gz中,第31行的基因,第二个数字对应的是barcodes.tsv.gz中第1行的细胞,第三个数字1表示的是reads count
95 1 1
168 1 2
171 1 1
195 1 1
209 1 2